Фукуяма стал известен благодаря книге «Конец истории и последний человек» (1992), ее концепция заключается в следующем:  распространение либерализма и демократии в современном мире свидетельствует о конечной точке социальной эволюции и может стать конечной формой государственного правительства. Данная работа была переведена более чем на двадцать языков и вызвала широкий резонанс в обществе.

Со временем концепция Фукуямы претерпела серьезные изменения - в начале 2000-х годов он отмежевался от неоконсервативного движения в американской политике, с которым прочно ассоциировался в начале карьеры.